Die Rebflächen waren seit dem 16. Jahrhundert unter dem Namen Salles de Poujeaux bekannt und damals Teil von Château Latour. Am 18. Juli 1806 kaufte André Castaing, der seinen Reichtum im Handel mit den Antillen erworben hatte, den ausgedehnten Besitz namens Grand-Poujeaux. 1820 kam es zu einer ersten Erbteilung, aus der später auch das Château Chasse-Spleen hervorging. 1880 wurde der verbleibende Besitz in drei Teile geteilt. Ein Drittel erwarb im Jahr 1921 François Theil. Sein Sohn Jean übernahm ab 1957 die Verantwortung über das Gut. Ihm gelang es, die beiden anderen Drittel zu kaufen und den Weinberg wieder als Ganzes zu führen. 1981 übergab er Château Poujeaux an drei seiner Söhne. Im Jahr 1997 gründete die Familie Theil eine Aktiengesellschaft, die das Weingut seither verwaltete. Anfang 2008 verkaufte sie das Gut an den Pariser Multimillionär Philippe Cuvelier, dem bereits das Château Clos Fourtet in der Gemeinde Saint-Émilion gehört. Als Berater wurden Nicolas Thienpont und Stéphane Derenoncourt engagiert.

Im Jahr 1966 wurde Château Poujeaux als Cru Grand Bourgeois Exceptionnel klassifiziert, also als Teil der Elite der Crus Bourgeois. 1991 und 1995 gewann der Wein von Poujeaux die Coupe des Crus Bourgeois. In der (aufgehobenen) Klassifizierung der Crus Bourgeois von 2003 kam Château Poujeaux als Cru Bourgeois Exceptionnel in die Spitzenklasse. Die Weine dieses Gutes können sehr langlebig sein.

Die größten Jahrgänge der jüngeren Zeit sind 1990, 1995, 1996, 2000, 2005, 2009 (92 PP) und 2010. Im durchschnittlichen Jahrgang 1997 erzeugte Chateau Poujeaux anerkanntermaßen einen der besten Cru-Bourgeois-Weine.