Auch wenn die wahre Geschichte des heute bekannten Gutes mit dem Jahr 1922 beginnt (→ siehe Kapitel Die Ära Philippe de Rothschild), lassen sich die Besitzverhältnisse der landwirtschaftlichen Nutzflächen bis in das frühe 14. Jahrhundert zurückverfolgen. Im Jahr 1311 gehörten die Flächen dem Lehnsherrn Pons de Castillon. In der Folge wurde der Besitz in der Familie weitervererbt. Im 15. Jahrhundert kommen die Ländereien an Humphrey, Duke of Gloucester, dem jüngeren Bruder von Heinrich V..

Nach der englischen Niederlage im Hundertjährigen Krieg ging der vormals englische Besitz in französische Hände über. Über die Familie Foix ging ein kleiner Besitz an den Notar Jacques de Ségur. Damals gehörten nicht nur kleinere Parzellen des heutigen Châteaus zu den Ländereien. Jacques de Ségur legte auch ab 1670 die ersten Rebflächen auf dem Gelände des heutigen Château Lafite-Rothschild an. Sein Sohn Alexandre heiratete im Jahr 1695 die Erbin von Château Latour. Aus dieser Ehe ging der Sohn Nicolas-Alexandre de Ségur (1697–1755) hervor. Nachdem Nicolas-Alexandre den Besitz von Mouton im Jahr 1717 erweiterte und Château Calon-Ségur kaufte, verkaufte er Mouton bereits 1720 (andere Quellen nennen das Jahr 1725) an Joseph de Brane und leitete damit die Trennung von Mouton und Lafite ein. Ein vorhandenes Gutsgebäude ging jedoch an Dominique Armailhacq, den damaligen Besitzer von Château d’Armailhac. Joseph de Brane nannte seinen Besitz fortan Château Brane-Mouton. Unter der Führung der Familie Brane kannte das Weingut, das über kein Hauptgebäude verfügte, eine Blüte. Aus den Unterlagen des Bordelaiser Weinhandels des späten 18. Jahrhunderts geht hervor, dass Brane-Mouton seinen Wein noch preiswerter als Lafite und Latour verkaufte, die Erlöse aber bereits auf einer Stufe mit den Gütern von Pichon standen.

Josephs Enkel Hector entschied im Jahr 1830, das Weingut zu verkaufen und sich ganz seinem anderen Gut, dem Château de Gorse zu widmen. Château de Gorse ist heute unter dem Namen Château Brane-Cantenac bekannt. Brane-Mouton verkaufte er für 1.200.000 Franc an den Pariser Banker Isaac Thuret. Das Tagesgeschäft überließ Thuret einem Händler aus dem Umfeld von Bordeaux. In der Folge verkamen die Rebanlagen zusehends; die Qualität der Weine konnte nicht mehr ganz den vormals geltenden Anforderungen genügen. Am 11. Mai 1853 verkaufte Thuret sein 35 Hektar großes Gut für die Summe von 1.124.000 Francs an den Bankier Nathaniel de Rothschild. Rothschild ernannte Théodore Galos zu seinem Gutsverwalter und schickte sich an, erhebliche Summen in die Qualitätsverbesserung und die Vergrößerung des Landbesitzes zu investieren. Die Schwächeperiode zwischen 1830 und 1853 sowie vielleicht auch die Tatsache, dass sich das Weingut in Händen eines englischstämmigen Bankiers befand, können vielleicht erklären, dass nun Château Mouton-Rothschild benannte Gut zu Anlass der Weltausstellung im Jahr 1855 nicht in den Rang eines Premier Grand Cru erhoben wurde. Stattdessen erkannte man Mouton als den Premier des Seconds als an den Primus unter den Zweitklassierten an. Nathaniels Onkel und Schwiegervater James Mayer Rothschild kaufte am 8. August 1868 das erstklassifizierte Nachbargut Lafite und benannte es in Château Lafite-Rothschild um.

James-Edouard de Rothschild, Sohn von Nathaniel, ließ schließlich ein Verwaltungs- und Wohngebäude errichten, das aufgrund seines frühen Todes im Jahr 1881 erst durch seine Witwe Thérèse vollendet wurde. Der Arzt Henri James de Rothschild, Sohn von James-Edouard, übernahm nach dessen Tod die Leitung des Gutes. Henri James' Vorliebe galt jedoch der Kunst. Unter den Pseudonymen André Pascal und Charles Des Fontaines veröffentlichte er diverse Theaterstücke. Er leitete das kleine Theater Antoine in Paris und errichtete das Theater Pigalle. Sein fehlendes Interesse an dem Weingut drückte sich in einer Misswirtschaft des Gutes aus. Sein jüngster Sohn Philippe de Rothschild verbrachte während des Ersten Weltkriegs viel Zeit in Pauillac und fand Gefallen am Weinbau. Als er seinem Vater von der Misswirtschaft auf dem Gut berichtete, wurde ihm im Jahr 1922 die Leitung des Gutes übertragen.