Durch die Heirat von Henry Plantagenet, des späteren Königs Heinrich II. von England im Jahr 1152, mit Eleonore, der Erbin von Aquitanien, geriet ein großer Teil Westfrankreichs unter britische Herrschaft. Auch das befestigte, das Tal des Ciron dominierende Anwesen gehörte damit ab dem 12. Jahrhundert den Engländern.

Mit dem Ende des Hundertjährigen Krieges im Jahr 1453 kam die Region um Bordeaux wieder unter die Kontrolle der französischen Krone. Der Kaufmann Ramon Felipe Eyquem erwarb das Château als Lehen des Erzbischofs Arthur de Montauban (1467–1478) am 10. Oktober 1477 von Guilhem Duboys, seigneur de Juillac. Der Kaufpreis soll 900 Goldfranken (Franc à pied) betragen haben. Dessen Enkel Pierre Eyquem, von 1554 bis 1556 Bürgermeister von Bordeaux, vererbte es wiederum seinem Sohn, dem berühmten Philosophen Michel Eyquem de Montaigne. Ein Jahr nach dessen Tod wurde das Anwesen mit Vertrag vom 8. Dezember 1593 an Jacques de Sauvage verpachtet, der bis zum Anfang des 17. Jahrhunderts die Gutsgebäude um eine Kapelle sowie einen Nordflügel erweiterte. Die Familie Sauvage begründete den guten Ruf des Weinguts. In den Adelsstand erhoben, erwarb im Jahr 1711 Léon de Sauvage das Gut als Eigentum. Durch die Heirat seiner Enkelin Françoise-Josèphe Sauvage (1768–1851) mit Louis Amédée de Lur-Saluces (1761–1788) am 6. Juni 1785 kam das Weingut in den Besitz der Familie Lur-Saluces, die durch eine Eisenschmiede in der Gemeinde Uza-les-Forges zu Reichtum gekommen war.

Nachdem Louis Amédée an den Folgen eines Reitunfalls gestorben war, leitete seine Witwe das Weingut. Während der Französischen Revolution wurde sie als Adelige zweimal inhaftiert, konnte aber ihr Gut, im Gegensatz zu vielen anderen Weingütern des Bordelais, in Familienbesitz halten. In einem Schreiben vom Mai 1787 bescheinigt Thomas Jefferson den Weinen den Rang eines erstklassigen Sauternes.

Das Gutsgebäude von Château d’Yquem.

Als ihr Sohn Antoine Marie Henry Amédée de Lur-Saluces (1786–1823) im Jahr 1807 Marie Geneviève Françoise Joséphine de Filhot heiratete, brachte diese die Weingüter Château Filhot und Château Coutet in die Ehe ein. Im Jahr 1826 ließ Françoise-Josèphe einen Fasskeller anlegen und konzentrierte die Aktivitäten des Guts auf den Weinbau. Nach ihrem Tod im Jahr 1851 übernahm ihr Enkel Romain Bertrand de Lur-Saluces die Geschicke von Château d’Yquem.

Der heutige Graf Lur Saluces verkaufte das Gut 1996 an den Luxusgüter-Konzern Louis Vuitton Moët Hennessy, blieb zunächst Angestellter als Directeur Général und wurde 2004 pensioniert. Sein Nachfolger wurde Pierre Lurton, der vormalige Leiter des Château Cheval Blanc, einem der besten Saint-Émilion-Weingüter. Im Jahr 2008 schlossen sich 16 Weingüter des Bordeaux, neben Château d’Yquem so namhafte wie Château Suduiraut, Château Olivier und Château La Tour Blanche mit dem Ziel zusammen, bei knapper werdendem Rebmaterial eigene Klone der Rebsorte Sémillon nachzuziehen